Der Meisterschaftsspielbetrieb wird nach Altersklassen unterteilt.

Für jugendliche Fußballerinnen wird Spielbetrieb im Fußballkreis Bonn von der E-Jugend (U11) bis zur B-Jugend (U17) angeboten. Auf Anfrage können auch Vereine aus anliegenden Kreisen am Spielbetrieb teilnehmen, wenn dort keine eigenen Meisterschaftsrunden zustande kommen. Der Spielbetrieb in Bonn folgt dem Flex-Prinzip, das heißt, Mannschaften können mit sieben oder neun Spielerinnen an der Meisterschaft teilnehmen. 11er-Spielbetrieb gibt es in Bonn bei den Juniorinnen nicht.

Bei den Junioren bietet der Kreis Spielbetrieb von der F-Jugend (U9) bis zur A-Jugend (U19). Bei den F- und E-Junioren wird dabei zwischen jüngerem und älterem Jahrgang unterschieden, um die verschiedenen Entwicklungsstufen der kleinsten Fußballer abzubilden. Zudem ist der Spielbetrieb hier in Herbst- und Frühjahrsrunden unterteilt, sodass in der zweiten Saisonhälfte Mannschaften von ähnlicher Spielstärke aufeinander treffen, um den Kindern das bestmögliche Fußballerlebnis zu ermöglichen.

Ab der D-Jugend (U13) wird nicht mehr nach Alter, sondern nach Spielstärke klassiert. Deshalb gibt es ab dieser Alterklasse nicht nur Kreisligen, sondern jeweils eine Sondergruppe auf Kreisebene, in der die Kreismeister ausgespielt werden. Aus den Sonderligen können Mannschaften auch in den Verbandsspielbetrieb aufsteigen, der nicht mehr der Kreishoheit unterliegt.